Odbor interního auditu a vnitřní kontroly zajišťuje nezávislé a objektivní ověřování vnitřního kontrolního systému SZIF a souladu vnitřních procesů s právními předpisy České republiky i Evropské unie.
Odbor je součástí Útvaru generálního ředitele a působí nezávisle na kontrolovaných útvarech Fondu. Svou činnost vykonává podle zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě, a podle ročního plánu sestaveného na základě analýzy rizik. Odbor se člení na Oddělení interního auditu a Oddělení podpory interního auditu a vnitřní kontroly.
ředitel Odboru interního auditu a vnitřní kontroly